一是农业建设用地指标匮乏。农业产业规划还缺乏刚性，相关产业用地尚未纳入乡镇总规或新市镇规划或郊野单元（村庄）规划，产业用地具体操作路径还不明确。很难用于农业发展领域，主要原因是农村产业发展用地的直接经济效益低，各区供地积极性不高，乡村规划引领不够等。

二是设施农用地供给不足、管理弹性不够。一方面农业产业发展需要仓库、场地及管理用房等；另一方面，栽培模式的创新发展和智能化设施装备的广泛应用也需要硬化部分土地，但设施农用地供给相对不足。

三是高标准生产基地建设缺乏积极性。土地流转承包后，高标准生产基地建设的相关土地政策不稳定，相应的配套政策和约束机制也不到位，给经营者投入与生产带来风险，导致签订长期流转合同的意愿普遍不强，也影响了新增高标准生产基地建设的投资。

对农业环保工作的理解和对农业污染源的认定，存在严重的认知误区，已经阻碍了农业产业正常、有序、可持续发展。

在养殖业领域，由于存在认识误区，畜禽养殖和水产养殖在环保治理中常遭“诟病”，往往简单地将养殖业作为污染源搞“一刀切”，进行取缔、关停、禁止或限制，在一定程度上导致畜禽养殖业的加速退养，水产养殖业也是如此。合理规划养殖业空间布局，科学利用畜禽粪污制成的有机肥，不但不会造成环保问题，还可以变废为宝，成为农业循环发展、绿色发展的重要支撑。

在种植业领域，耕地质量总体状况仍待改变，绿色防控技术有待提升，种植户用地养地意识普遍缺乏，农业面源污染问题不容忽视，仍然过分依赖化学农药和化肥，土壤酸化趋势明显、设施土壤次生盐渍化较重、耕作层变浅和板结现象较为突出，持续推进减肥减药工作任重道远。农业环保问题，根本上需要通过现代技术的手段来解决，通过科学、合理、到位的约束机制来解决，从促进可持续发展角度考虑，简单采取禁止、退养等做法不可取。

一是农业经营主体“小、散、乱”问题有待突破。目前，各类农业经营主体“小、散、乱”现象较为普遍，综合能力不强，生产主体的组织化、规模化程度偏低。由于分散生产经营，产品相对单一、总量较小，生产主体与市场衔接不足等，阻碍着品牌化建设和产业融合发展的进程。各类主体间没有形成强有力的联合与合作，难以形成品牌效应，导致农业综合效益较低。

二是农业产业体系有待进一步建立健全。生产主体的参与度不高，采用订单农业生产量依然较小。农产品附加值仍处在较低水平，农业产业体系还存在资源环境匹配度不高、流通体系效率不高、低端农产品过剩和高端优质农产品供给不足并存等问题，亟待建立健全覆盖全产业链的农业产业体系。

三是项目扶持重点有待进一步聚集。项目规模偏小、过度分散、总数偏多现象至今并无改观，资金使用“撒胡椒面”现象严重，不利于农业产业集群式发展，也不利于形成规模化、集约化、现代化的农业发展之路。

一是产业融合发展的创收能力低。以往上海农民增收主要靠就业工资性收入、转移性收入、财产性收入和其他经营性收入等，现在已不可持续。各区农业产业融合发展尚处于初级阶段，休闲、旅游、农家乐餐饮、民宿等配套设施不足，农民收入仍主要依靠农业初级产品，农民增收遭遇瓶颈。

二是仍然缺少促进产业融合发展的可落地性政策。作为国际化大都市，上海农业势必要走融合发展之路，但推进过程还存在诸多障碍。就民宿发展而言，目前全市虽然已经制定了乡村民宿发展指导意见，但尚缺乏全市统一的民宿发展规划和行业评级标准，导致服务水平参差不齐，日常监管不力。另外，在对休闲农业试点项目调研中，反映比较集中的问题是乡村建设项目的审批管理照搬城镇项目的技术规范进行审核和报批，如绿化覆盖率、停车位面积、消防供水、供电配置、建筑高度、装配式建筑等，急需制定乡村建设导则，明确乡村建设项目审批规范。